São doenças nas quais o organismo desenvolve, de forma errônea, resposta imunológica contra componentes do próprio corpo. 

Além dos diversos órgãos internos que podem ser afetados por doenças auto-imunes, como a tireóide, as articulações, os rins, os sistemas digestivo e respiratório, a pele é afetada por doenças auto-imunes diversas. 

As mais importantes doenças de pele auto-imunes são as chamadas doenças do tecido conjuntivo, entre as quais se destaca o lúpus eritematoso. Um outro grupo importante de doenças com componente auto-imune são as chamadas doenças bolhosas, os pênfigos. 

O vitiligo e a alopecia areata são também considerados doenças de origem auto-imune.